Vào thời điểm lúc bấy giờ, thần Zeus đang đau đầu vì lời phán truyền của những nữ thần Số Mệnh: đỉnh Olympus sẽ bị xâm lăng bởi những Gigantos - Đại Khổng Lồ và khi ấy chỉ có một vị anh hùng kiệt xuất người trần gian mới giúp được. Zeus liền xuống trần, giả dạng chồng của Alcmene để ái ân với cô ấy với Alcmene dài gấp ba lần đêm bình thường, bởi Zeus đã ra lệnh cho thần Mặt Trời không được mọc như hàng ngày. Mấy hôm sau, Amphitryon, chồng thật của Alcmene trở về từ chiến trường, thấy thái độ của vợ khác thường, đâm ra nghi ngờ lòng chung thủy của vợ. Cuối cùng, Amphitrion quyết định đến đền thờ xin lời chỉ dẫn. Được lời phán truyền làm yên lòng, Amphitrion dẹp bỏ mối lo về Alcmene. Một thời gian sau, Alcmene có mang và sinh đôi: Một đứa con trai của Amphitryon là Iphicles và một đứa con trai của Zeus là Heracles, tuy nhiên lúc này cậu bé có tên Alcides. Nhưng vào lúc đó nữ thần Hera cũng biết được tin tức về cuộc tình vụng trộm này, vốn bản tính ghen tuông sẵn có, Hera đã giở thủ đoạn để trả thù: đầu tiên, bà ta chọn lúc thần Zeus đang vui mà bắt thần hứa rằng sẽ trao ngôi báu của xứ Mycenae cho một hậu duệ thuộc dòng dõi người anh hùng Perseus (vừa là tổ tiên, vừa là anh trai của Heracles) vinh quang sắp ra đời và nhận được sự chấp thuận của Zeus, sau đó bà ta sai nữ thần Ilithi chuyên phụ trách việc sinh nở xuống trần gian đẩy nhanh việc sinh nở của hoàng hậu thuộc xứ Mycenae, cũng đang mang thai một hậu duệ thuộc dòng Perseus, và vị hoàng hậu đó đã sinh ra Eurystheus, người sau này sẽ phụ trách việc đày đọa Heracles trong 12 năm nhưng cũng góp phần gián tiếp tạo nên 12 chiến công hiển hách, vĩ đại của Heracles, mặc dù hắn mới nằm trong bụng mẹ có 7 tháng. Việc này khiến cho thần Zeus dù rất giận dữ nhưng cũng không thể làm gì khác để cho đứa con của mình trở thành vua, và buộc phải chấp nhận trao ngôi báu cho Eurystheus ốm yếu.

Zeus rất đỗi vui mừng vì có một cậu con trai. Vào một đêm nọ, thần xuống trần bế chú bé Heracles lên cung điện Olympus, lén đặt vào lòng nữ thần Hera để bú trộm sữa. Khi Hera phát hiện Heracles và đẩy phắt cậu ra thì cậu đã bú gần no. Tương truyền lúc Hera đẩy cậu ra, sữa của nữ thần văng khắp bầu trời, tạo thành sông Ngân Hà. Nhờ được uống sữa của Hera mà sau này cậu bé mới trở nên bất tử. Vì vậy, thần Zeus đặt tên mới cho cậu bé là "Heracles", có nghĩa "Vinh quang của Hera".

Nữ thần Hera thù ghét Heracles, ngay đêm đó đã sai hai con rắn bò vào nôi của hai đứa trẻ để mổ chết Heracles. Iphicles khóc thét khiến hai vợ chồng Amphitryon chạy tới. Họ nhìn thấy một cảnh tượng kì lạ: Heracles đang cầm hai con rắn trên hai tay và bóp cổ chúng cho tới chết. Ngay từ hồi sơ sinh, Heracles đã bộc lộ sức mạnh phi thường. Lớn lên, cậu được theo học cách điều khiển xe ngựa, võ thuật, cung tên... và cả âm nhạc, nghệ thuật, khoa học. Heracles vô cùng hứng thú với các môn võ nghệ, tiếc thay về khoa học và nghệ thuật, cậu rất lười và học dốt thậm tệ các môn này. Thầy giáo dạy nhạc trong một lần giận dữ vì Heracles không thuộc bài nên giơ tay đánh cậu. Heracles nổi cáu, vớ cây đàn lia (có người bảo là cái ghế), đánh vào đầu thầy. Không may, thầy dạy nhạc ngã xuống chết do đòn đánh quá mạnh. Người cha dượng Amphitrion lo sợ Heracles sẽ lại gây ra tội lỗi nên gửi cậu đến chỗ nhân mã Chiron - người từng dạy dỗ biết bao nhân tài của đất Hi Lạp. Ông hi vọng cảnh thanh bình trên núi cao sẽ làm dịu đi bản tính nóng nảy của con mình, hơn nữa như thế cũng hợp với sự phóng khoáng và hiếu động của cậu bé. Ở trên núi với thầy Chiron, Heracles dần trở thành học trò xuất sắc nhất về cả võ nghệ lẫn cung tên. Năm 18 tuổi, Heracles đã trở thành một chàng thanh niên khỏe mạnh, lực lưỡng, cao to, chàng từ giã thầy xuống núi, bắt đầu sự nghiệp giúp đỡ dân lành.